Vesiensuojelun yleisimpiä tavoitteita ovat rehevöitymistä aiheuttavan vesistökuormituksen ja haitallisista aineista vesistöihin aiheutuvien riskien vähentäminen, vesiluonnon monimuotoisuuden ja pohjavesien suojeleminen sekä vesistöjen kunnostus.
Vesiensuojeluun liittyvää työtä tekevät lukuisat eri tahot mm. kunnat, valtion laitokset ja virastot, yritykset, maanviljelijät, järvien suojeluyhdistykset, kyläyhdistykset, vesiosuuskunnat, säätiöt ja tutkimuslaitokset, yliopistot ja muut oppilaitokset, muut yhteisöt ja yksityiset kansalaiset. Vesiensuojelussa pienikin työ ja panos on tärkeää, sillä vesistöjä kuormittavat ravinteet ja haitalliset aineet ovat usein peräisin lukuisista eri lähteistä. Vesistöjen kunnostushankkeilla voidaan vähentää vesistöihin tulevaa kuormitusta, parantaa vesistöjen virkistyskäyttöarvoa tai edistää luonnon monimuotoisuutta.